脂質體擠出器主要應用于藥劑產品粒徑均一化，去除產品中的顆粒和沉淀，減小脂質體及乳劑粒徑以便于無菌過濾，分子生物動力學研究。樣品經過水化形成脂質體后，一般會通過高壓均質或者超聲的方式對樣品進行初步均質處理，處理后樣品粒徑和分布都會有所提高，但往往還不能達到所需要的理想要求。此時，將均質后樣品由擠出器下圖中進料口進入，通過高壓氮氣將樣品從濾膜中擠出，擠出后的樣品粒徑和分布都會進一步提高。